Według Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) bakterią zwaną prątkiem gruźlicy (Mycobacterium tuberculosis) zakażone jest około jednej czwartej światowej populacji, a sama choroba pochłonęła około 1,6 miliona istnień ludzkich tylko w roku 2021.
Jedyne dostępne obecnie metody leczenia to stuletnia szczepionka, która zmniejsza ryzyko infekcji o 20 proc. i trwająca cztery do sześciu miesięcy kuracja silnymi antybiotykami, która czasami może być nieskuteczna.
Aby pokonać chorobę, konieczne jest jej dokładne zrozumienie, zaś podstawa zrozumienia – to znajomość sekwencji DNA.
Genom jednego ze szczepów gruźlicy, H37Rv, został po raz pierwszy zsekwencjonowany przez naukowców już w roku 1998, ale dotychczas nie udawało się stworzyć dokładnej sekwencji, która zwiększyłaby szanse na wyleczenie choroby.
Teraz dokładnego sekwencjonowania szczepu H37Rv dokonali badacze z Rutgers University (USA) dzięki stworzonemu przez siebie nowatorskiemu narzędziu do „składania” genomu. Bact-Builder integruje dobrze znane narzędzia do składania genomu typu open source w unikalne i przyjazne dla użytkownika narzędzie, które jest swobodnie dostępne na GitHub. Metoda powinna sprawdzić się również w przypadku innych szczepów i różnych rodzajów bakterii.
Poprzez cięcie dużych fragmentów DNA na małe, możliwe do szybkiego zeskanowania fragmenty, a następnie użycie sekwencji referencyjnej, takiej jak H37Rv, w celu prawidłowego dopasowania wszystkich uzyskanych fragmentów danych, naukowcy sekwencjonują obecnie nowe genomy bakteryjne.
Już samo opublikowanie dokładnego genomu szczepu referencyjnego H37Rv umożliwia wykorzystanie go do porównywania z innymi szczepami w setkach badań rocznie. Powinno to znacznie pomóc w badaniach nad gruźlicą, wyjaśniając na przykład dlaczego niektóre szczepy są bardziej zaraźliwe niż inne, powodują poważniejszy przebieg choroby lub sprawiają, że leczenie jest trudniejsze.
Autorzy publikacji mają nadzieję, że dzięki ich pracy naukowcy z całego świata zyskają dostęp do informacji potrzebnych do stworzenia szybszych, skuteczniejszych metod leczenia, a w szczególności w pełni skutecznej szczepionki.