Gdy resort opublikował projekt rozporządzenia określający, jak te umowy mają wyglądać, aptekarze zaczęli się buntować. Zapisano tam bowiem, że NFZ może nałożyć na aptekę karę sięgającą 5 - 10 proc. kwoty refundacji (od kilku do kilkudziesięciu tysięcy złotych) np. za to, że apteka sprzedała lek na podstawie źle wypełnionej recepty. To może doprowadzić nawet do bankructwa aptek.
Wejście w życie ustawy w tej formie może spowodować, że prowadzący apteki nie podpiszą umów z NFZ. Gdyby tak się stało, pacjenci nie mogliby kupować leków refundowanych.
Jednak resort zdrowia uważa, że zagrożenia dla pacjentów nie ma, gdyż dopłaty państwa do leków refundowanych to istotna pozycja w budżecie każdej apteki i żaden podmiot gospodarczy nie zrezygnuje z nich.