Choć już po kilku miesiącach od początku pandemii udało się zsekwencjonować genom SARS-Cov2, kompletnych danych o genach kodujących wirusowe białka brakowało. Naukowcy z Massachusetts Institute of Technology, na łamach pisma „Nature Communications” opublikowali właśnie mapę z tymi informacjami. Badacze potwierdzili kilka kodujących białko genów i znaleźli kilka nowych. Wykazali też, że niektóre miejsca, które podejrzewano o zawartość genów, jednak ich nie zawierają.
Dokonali tego dzięki metodzie opartej m.in. na porównaniu genomu nowego koronawirusa z genomami innych, podobnych do niego wirusów, m.in. z genomem SARS-CoV. Pomogła w tym nowa technika komputerowej analizy opracowana przez jednego z autorów dokonania, prof. Manolisa Kellisa.
- opowiada prof. Kellis.
Funkcja części genów nie jest jeszcze znana.
Zespół z MIT przeanalizował także ok. 2 tys. mutacji, które powstały w różnych wariantach wirusa, wyizolowanych odkąd zaczął on infekować ludzi. Wiedza ta pozwoliła na ocenę tego, jak ważne te mutacje mogą być dla zdolności zarazka do zakażania i wywoływania choroby.
- podkreśla kierujący pracami dr Irwin Jungreis.
Naukowcy zwracają uwagę, że wiele wcześniejszych badań nie tylko uwzględniało niewłaściwy zestaw genów, ale nawet nazwy genów się czasami nie zgadzały. Autorzy nowej mapy, w osobnym artykule zaproponowali więc ustandaryzowany system nazewnictwa dla genów SARS-CoV-2.
Badanie wskazało jednocześnie na szybką ewolucję wirusa. Pokazało przy tym, że większość genów, które mutowały szubko - zanim rozpoczęła się pandemia - w jej trakcie nadal szybko się zmieniała, a geny ewoluujące wolno wcześniej - także w większości utrzymały swój trend.
Pojawiły się jednak wyjątki od tej reguły, rzucające światło na to, jak wirus dostosował się do ludzkiego gospodarza. Na przykład jedno z białek otaczających genom SARS-CoV-2 miało dużo więcej zmian, niż badacze się spodziewali na podstawie historii ewolucyjnej wirusa. Na białko to reagują ludzkie limfocyty B, więc mutacja w kodującym je genie pomaga wirusowi unikać odpowiedzi immunologicznej.
- wyjaśnia prof. Kellis.
Jego zespół przyjrzał się też mutacjom tzw wariantu brytyjskiego, brazylijskiego oraz południowoafrykańskiego.
Wiele mutacji, które sprawiły, że wirus stał się groźniejszy, dotyczy białka spike, choć inne mutacje też są obecne. - - tłumaczy dr Jungreis.
Pozwoli to poznać lepiej wirusa w kontekście jego ewolucji i zrozumieć, jak do niej pasuje obecna pandemia.
- mówi prof. Kellis.
