Aby skontrolować górny odcinek przewodu, czyli przełyk, żołądek i opuszkę dwunastnicy, wykonuje się gastroskopię. Badanie wykonywane jest endoskopem – giętkim wziernikiem o grubości małego palca, wprowadzanym przez usta do żołądka. Pozwala ocenić błonę śluzową, elastyczność ścian oraz sok żołądkowy – jego ilość i kolor. Podczas gastroskopii można pobrać materiał do badania histopatologicznego (pobranie za pomocą szczypczyków jest bezbolesne), jak również przeprowadzić zabieg np. usunięcia polipu lub połkniętego ciała obcego oraz zatamować krwawienie wewnętrzne.

Gastroskopia wykonywana jest u pacjentów, którzy narzekają na ból brzucha, zgagę, problemy z przełykaniem, uczucie pełności, jak również u osób, u których podejrzewa się stan zapalny przełyku i żołądka, obecność bakterii Helicobacter pylori. Wskazaniem do gastroskopii jest niewyjaśniona utrata masy ciała, niedokrwistość i krwawienie z przewodu pokarmowego. Badanie jest pomocne w diagnostyce groźnych nowotworów przełyku i żołądka, jak również chłoniaka żołądka.

Do gastroskopii należy się przygotować. Osiem godzin przed badaniem nie wolno jeść, zaś cztery godziny przed badaniem pić. Należy zdjąć protezę zębową.

Badanie jest nieprzyjemne i bywa bolesne. Gardło znieczulane jest specjalnym aerozolem, który sprawia również, że pojawiający się w trakcie badania odruch wymiotny jest łagodniejszy. Pacjent musi leżeć na lewym boku, ma ustnik zapobiegający zamykaniu ust. Podczas gastroskopii można swobodnie oddychać, ale nie należy połykać śliny, która spływa do śliniaka. Badanie trwa od kilku minut do pół godziny. Po nim zwykle pojawiają się wzdęcia i odbijanie. Należy powstrzymać się z jedzeniem przez około dwie godziny, bo gardło i przełyk są silnie podrażnione.

Można zdecydować się na gastroskopię w znieczuleniu dożylnym.

Obejrzenie wnętrza jelita grubego, czyli stanu błony śluzowej jelita grubego, umożliwia kolonoskopia badanie giętkim endoskopem o grubości palca wskazującego. Kolonoskopia może wykryć polipy, nowotwór jelita grubego albo nieswoiste zapalenie jelita. Wykonywana jest u pacjentów, którzy cierpią na zaparcia lub biegunki, mają krwawienia z odbytu. Wskazaniem do badania bywa niedokrwistość i bóle brzucha.

Przed badaniem konieczne jest skonsultowanie przyjmowania leków w chorobach przewlekłych. Nie wolno zażywać aspiryny i niektórych leków na schorzenia kardiologiczne i cukrzycę, jak również żelaza. Kilka dni przed badaniem należy unikać owoców pestkowych (winogrona, kiwi, truskawki), muesli, pieczywa z ziarnami i buraków. Trzy dni wcześniej trzeba przejść na dietę płynną. Dzień przed pacjent musi wziąć środki na przeczyszczenie, nie może jeść, a jedynie powinien pić wodę, by się nie odwodnić. Przed kolonoskopią konieczne jest oczyszczenie jelita.

Pacjent na czas badania przebiera się w odzież ochronną i kładzie się w pozycji embrionalnej. Najpierw wykonywane jest badanie per rectum, by ocenić ujście odbytu, następnie wziernik wprowadzany jest przez odbyt do jelita grubego. To może być bardzo bolesne, dlatego pacjent może dostać znieczulenie miejscowe. Kolonoskopia trwa od 10 do 40 minut.

Aby uwidocznić zmiany w jelicie grubym, wprowadzanie jest powietrze. Dlatego po kolonoskopii pacjent powinien ułatwić wydostanie się powietrza na zewnątrz – powinien skorzystać z toalety, jakby miał oddać stolec. Kiedy wzdęcia są bardzo dokuczliwe, należy przyjmować środki rozkurczowe. Do kilku dni po badaniu mogą utrzymywać się biegunki.

Endoskopowe badanie krtani, tchawicy i oskrzeli to z kolei bronchoskopia. Elastyczny wziernik wprowadzany jest przez nos lub usta.

Wskazaniem do bronchoskopii są przewlekły kaszel, duszności, nawracające zapalenia płuc i krwioplucie. Bronchoskop lub bronchofiberoskop służą też do usuwania ciała obcego i odessania wydzieliny z oskrzeli. Umożliwiają podanie leku bezpośrednio do oskrzeli i wykorzystywane są do pobierania wycinków do badania histopatologicznego.

Dobę przed bronchoskopią nie można palić papierosów. Minimum sześć godzin nie wolno jeść, zaś dwie godziny - pić.

Przed badaniem podawany jest lek uspokajający i zmniejszający ryzyko skurczu krtani oraz spowalniający akcję serca. Do znieczulenia miejscowego nosa i gardła stosowany jest specjalny aerozol. Badanie trwa od 15 do 30 minut. Pacjent jest w pozycji siedzącej lub leżącej. Przez cały czas sprawdzana jest saturacja krwi oraz ciśnienie krwi, kontrolowany jest zapis EKG. Po badaniu nie wolno jeść i pić przez dwie godziny. Pacjent może mieć chrypkę, czasem pojawia się krwioplucie.

Bronchoskopię można przeprowadzać w znieczuleniu ogólnym.